Böhmer wurde am 22. März 1997 in München zum Nachfolger von Werner Göhner gewählt, nachdem der gelernte Industriekaufmann (u.a. Zweirad-Vertriebsleiter bei Peugeot) zuvor schon zwölf Jahre als Vizepräsident den Weg des Verbandes mitgestaltet hatte. In seine vierjährige Amtszeit als BDR-Präsident (1997-2001) fallen u.a. zwei Weltmeisterschaften auf deutschem Boden: 1999 in Berlin (Bahn) und 2000 in Böblingen (Hallenradsport). Zudem kam unter seiner Präsidentschaft 1999 die Deutschland-Rundfahrt nach 17 Jahren wieder ins Rollen. Böhmer, aufgewachsen in Solingen und Ehrenmitglied des RC Sprinter Radevormwald, war Mitglied der Bahnkommision der UCI und wurde vom Radsport-Weltverband für seine vielfältigen Verdienste mit der höchsten UCI-Auszeichnung, dem „Merit UCI“ geehrt. Nach seiner fast 20-jährigen Arbeit als Funktionär ernannte ihn der BDR 2001 zum Ehrenmitglied. Nach seiner BDR-Präsidentschaft zog sich Böhmer vom Renngeschehen komplett zurück, verfolgte den Radsport nur noch „inaktiv“ aus seiner Heimat im Bergischen Land.
„Mit Manfred Böhmer verliert der deutsche Radsport einen ganz großen Förderer, Mäzen und Funktionär. Böhmer war ein bemerkenswerter Radsportfan und eine herausragende Persönlichkeit. Der BDR, der Radsport insgesamt und viele Einzelsportlerinnen und Einzelsportler haben ihm viel zu verdanken“, sagte BDR-Präsident Rudolf Scharping.
