Seine Paradedisziplin war das 1000-m-Zeitfahren. Hier feierte er als Junioren-Weltmeister 1979 seinen ersten internationalen Erfolg. 1982 wurde er Weltmeister in der Männerklasse, zwischen 1979 und 1982 wurde er drei Mal an der Seite von Dieter Giebken Vize-Weltmeister im Tandem, 1983 gewannen sie die Bronzemedaille.
Seinen größten Triumph feierte Schmidte 1984 bei den Olympischen Spielen in Los Angeles, als er Olympiasieger im 1000-m-Zeitfahren wurde. Das Land Paraguay ehrte ihn sogar mit einer Sonderbriefmarke.
Danach konnte Schmidtke nicht mehr an diese Erfolge anknüpfen und zog sich aus dem Leistungssport zurück. Nach dem Ende der Sportkarriere betrieb der gelernte Rohrschlosser aus Köln-Worringen zunächst ein Sportgeschäft, arbeitete später bei der Bayer-Tochter EC Erdölchemie.
Fredy Schmidtke hinterlässt eine Ehefrau und zwei Söhne.